法律分析：一是管理部门不同。自主择业方式退出现役军转干部归门的自主择业军转干部管理服务机构管理，组织关系一般落在街道社区，组织生活往往不够经常，而逐月发放退役金由地方的民政部门负责管理，一般由下设的干休中心具体管理，组织生活比较经常。
二是医疗保障方式不同。自主择业军转干部就医相对比较灵活，医疗可自主选择理想的医院，而退休干部就医一般只能到定点包干医院。
三是经济收入有一定差距。退休干部离队安置时，由一次性发给相当于本人6个月工资的安家补助费（到农村安置的，一次发给相当于本人8个月工资的安家补助费）。而自主择业军转干部除安家补助费之外还有生活补助费和自主择业补助费（一般会多出20万元左右的补助），有的在安置地还可享受住房补贴，这些都是退休干部所没有的。
四是从事经济活动要求不同。国家对自主择业军转干部从事经济活动是鼓励支持的，而对退休干部不提倡个人经商、办企业，参与应聘、回聘等从业活动的，要经过批准，但不能担当企业法人。
法律依据：《中华人民共和国兵役法》 第六十一条 士官退出现役，服现役不满十二年的，依照本法第六十条规定的办法安置。 士官退出现役，服现役满十二年的，由安置地的县级以上地方安排工作；待安排工作期间由当地按照国家有关规定发给生活补助费；本人自愿选择自主就业的，依照本法第六十条第一款至第四款的规定办理。 士官服现役满三十年或者年满五十五周岁的，作退休安置。 士官在服现役期间因战、因公、因病致残丧失工作能力的，按照国家有关规定安置。
